印尼的非金属矿主要有高岭土、石灰岩、白云石、泥灰岩和金刚石等。高岭土估计有750万吨，为风化型和沉积型两种成因类型，主要分布在西爪哇、邦加岛和勿里洞岛。

石灰石分布较广，有爪哇岛和马都拉岛的中新世—上新世石灰岩矿床，苏门答腊岛第三纪前的大理岩化石灰岩，加里曼丹和苏拉威西的第三纪石灰岩以及伊里安查亚省的更新世珊瑚礁。

白云石和白云石灰岩只在爪哇北部滨岸地区和马都拉岛有发现。爪哇和苏门答腊岛有泥灰岩矿。