翼手目可以分为两个亚目：大蝙蝠亚目和小蝙蝠亚目。前者体形较大，多以水果为食，如著名的狐蝙，翼展可达90厘米之巨后者体形远较前者为小，多以昆虫为食。

大蝙蝠亚目的种类眼大，主要以花、果实为食物小蝙蝠亚目体型和眼较大蝙蝠亚目小，以昆虫、血、小动物、果实、花为食。

蝙蝠科是小蝙蝠亚目下的一科，约有300多种。