内蒙古农科院分别有特色作物研究所、资源环境与可持续发展研究所、蔬菜花卉研究所、作物科学研究所、玉米研究所、植物保护研究所、畜牧研究所、动物营养与饲料研究所等。并且在内蒙古巴盟、呼伦贝尔、通辽、赤峰、鄂尔多斯、乌兰察布、包头建有分院。