九寨沟的水，下游汇入白水江，再入白龙江，在四川省广元市昭化古城旁边汇入嘉陵江。

九寨沟位于四川省西北部岷山山脉南段的阿坝藏族羌族自治州九寨沟县漳扎镇境内，地处岷山南段，弓杆岭的东北侧。系长江水系嘉陵江上游白水江源头的一条大支沟，流域面积651.34km。