常态微生态菌群指肠道菌群中数量大或种群密集度大的细菌。包括类杆菌属、优杆菌属、双歧杆菌属、瘤胃球菌属和梭菌属等专性厌氧菌，通常源于原籍菌群。

优势菌群是对宿主发挥生理功能的菌群，在很大程度上影响整个菌群的功能，决定着菌群对宿主的生理病理意义。