同源染色体基因不一定相同。

例如，同源染色体上如果有等位基因，比如一条染色体上带有A基因，另一条同源染色体上带a基因，那么这一对同源染色体的基因是不同的。

又比如，代表某种表现形的基因，显性为A，隐性为a，那么一对同源染色体，一条上面的基因型为A，一条上面为a，这当然是可能的，这种情况下，基因型就不相同.如果同为A，或者同为a，那就相同。