外寄使用高锰酸钾溶液进行检疫。内寄使用甲硝唑进行检疫。

有些锦鲤外表看起来十分健康，它或多或少也会有一些病原体。通常饲养者会选用20ppm浓度的高锰酸钾消毒溶液，对鱼体进行药浴消毒，一般药浴时间为2—3分钟。通过高锰酸钾消毒，可以有效的杀灭鱼体表面和腮部携带的细菌，控制有害菌体或是病体进入隔离缸。如果在这期间发现部分锦鲤的某些部位出现明显的受伤情况，应积极处理，如涂抹药物，注射抗生素等。