三支一扶是毕业生基层落实政策，指大学生在毕业后到农村基层从事支农、支教、支医和扶贫工作。特岗医生针对基层县以及偏远贫困地区医疗不足，结构不合理问题。为了提高农村医生队伍的整体素质所设置的医疗岗位。

二者报名时间不同，三支一扶集中在每年五六月，特岗招聘在每年四月

考试内容也不同，三支一扶考的是《行政职业能力和农村工作能力测验》，特岗医生考的是《教育综合知识》和《学科专业知识》

报考条件不同，三支一扶要求大专及以上学历，特岗医生要求全日制普通高校本科以上毕业生、医疗类专业专科毕业生

数量规模及其身份不同，三支一扶计划每年选派2万名，身份是“三支一扶”志愿者。特岗医生根据实际情况确定招聘人数，身份是“特设岗位医生”

报酬待遇及经费来源和聘用期限及期满安排都不同。