使用前经过清洁消毒，培养皿清洁与否对工作影响较大，可影响培养基的酸碱度，若有某些化学药品的存在，会抑制细菌生长。

新购的培养皿应先用热水冲洗，再置于质量分数为1%或2%的盐酸溶液中浸泡数小时，使游离碱性物质除去，再用蒸馏水冲洗2次。