在10月中下旬，当菟丝子蒴果将成熟，盖裂开前，及时采集蒴果，用布垫着晒干，脱粒，处理出种子，簸去杂质，将种子装入布袋中，悬挂在高处避免雨淋即可，菟丝子种子属经低温迟属型，必须经过冬季一定时期低温阶段种子内部才发育成熟，到第二年播种才能正常萌发生长。

千万不要作播种用种子藏在室内，温湿度较高地方，反而影响第二年播种出芽率，也不可贮藏于冰箱中，湿度过大，也影响出芽率。