目前马口鱼还没有保护级别，马口鱼虽然不是主要的经济鱼类，但它在生物多样性保护和生态系统中起着重要的指示作用。

要注重稀有基因个体的发现和保护，一方面对其实施特别的繁殖保护，防止随机漂变造成基因型的丧失另一方面将其纳入到繁殖群体中，使其携带的稀有基因能在群体中扩增。在马口鱼的人工扩增养殖活动中尽量避免近亲繁殖，扩大基因交流。近亲繁殖，其结果必然会直接导致马口鱼种群遗传多样性的贫乏。