主要区别就是：配子是单独的卵子或者精子合子是卵子和精子的结合体。

配子是指生物进行有性生殖时由生殖系统所产生的成熟性细胞，简称生殖细胞。配子分为 雄配子和 雌配子，动物和植物的雌配子通常称为 卵细胞，而将雄配子称为 精子。

合子：生物学上是有性生殖的生物雌雄配子结合后的细胞结构的统称。