总的说是西北高、东南低。海区平均水深349米，最大深度2717米。依海底地形趋势，可分为两个区域：西部大陆架浅水区和东部冲绳海槽深水区。

东海大陆架特别发育，最大宽度达640公里，是世界上最宽阔的陆架之一。大陆架面积约占整个海区的66%，北宽南窄。海底地势向东南缓倾，平均坡度1′17″。平均水深72米，大部分海域水深60～140米。陆架外缘在水深120～140米处。东海大陆架又可以50～60米水深分为东、西两部分。