噬菌粒实际上是带有丝状噬菌体大间隔区的质粒载体，是集质粒和丝状噬菌体的有利特征于一身的载体，具有ColEI复制起点及抗生素抗性选择标记的质粒，以及丝状体噬菌体的间隔区。

此间隔区含噬菌体DNA合成的起始与终止及噬菌体颗粒形态发生所必需的全部顺式作用序列。