马来西亚水豚头大，颈短，尾短，耳小而圆，眼的位置较接近顶部，鼻吻部异常膨大，末端粗钝。

雄性成体的鼻吻部有一高起的裸露部位，内有肥大的脂肪腺体，上唇肥大，中裂为两瓣。前肢4趾，后肢3趾，呈放射状排列，趾间具半蹼，适于划水，趾端具近似蹄状的爪，雌兽有4对乳头。