工程决算审计归哪个部门，取决于工程资金性质。如果是国有资金，特别是财政资金，主要由审计局的基建中心和财政局的评审中心负责审计，而如果资金来源不是国有资金或财政资金，该工程决算的审计可委托社会审计机构实施，向委托单位提交审计报告。