主要区别在于游戏内容，因为《火影忍者究极风暴4》承接《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》的延续剧情，设定了由初代火影千手柱间和宇智波斑的决斗开始，接着横跨到第四次忍界大战。同时还将加入最终剧场版THE LAST的剧情。本作最大特点就是混战破坏效果更加真实，官方甚至用“天崩地裂”来形容查克拉爆发后的场面。而究极风暴3的游戏结束在初代火影千手柱间和宇智波斑的决斗。