有国际航道。

自90年代初以来，航行在波罗的海上的轮船急剧增多。近两年来，每年航行在波罗的海主航道的轮船已超过4万艘。波罗的海有轮渡连通沿岸国家的各大港口。并通过白海－波罗的海运河与白海相通，通过列宁伏尔加河－波罗的海水路与伏尔加河相联。

波罗的海的重要海港有圣彼得堡、加里宁格勒（俄罗斯）、赫尔辛基（芬兰）、斯德哥尔摩（瑞典）、哥本哈根（丹麦）、罗斯托克（德国）、格但斯克（波兰）等。