三分损益法最大的缺陷是：只包括生出高五度与低四度的律，不包括生出低五度与高四度的律。

最早发现三分损益律的缺陷是明代乐律学家、历算学家朱载堉。他的“新法密率”，科学地解开了历代律算学家苦苦探寻的三分损益法“黄钟不能还原”的干古难题，最早提出了“十二平均律”律学理论。