喀纳斯湖有大鲫鱼、鲤鱼、鲢鱼、草大鱼、鲤鱼等，其中鲤鱼最大。鲤鱼以湖中浮游生物为食，常群居于湖岸溪流中。在喀纳斯中的鱼都是当地独有品种。