根据《条例》，广西将实行行政区域与流域相结合的自治区、市、县、乡、村五级河（湖、库）长制，分级分段组织领导本辖区内江河、湖泊、水库的水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境治理和水生态保护等工作建立健全流域上下游水环境生态保护补偿机制，形成成本共担、效益共享、合作共治的流域保护和治理长效机制对跨市、县的江河、湖泊、水库实行交界断面水质考核制度建立江河、湖泊、水库流域上下游和两岸、周边县级以上人民政府联合协作、定期会商机制和水污染事故应急联动机制建立流域水污染事故处置和上下游联动协作机制，统一协同的流域水环境管理机制。
同时，广西将进一步突出重点领域，从工业水污染防治、城镇水污染防治等方面加强源头治理。为加快污水收集率，提高污水处理率，避免污水对河道、地下水造成污染，降低污水处理成本，《条例》明确提出我区水污染防治的重要举措——实施“雨污分流”，并规定“在城镇雨水、污水分流地区，任何单位和个人不得向雨水收集口、雨水管道排放或者倾倒污水和垃圾等废弃物”。违反这一规定，由城镇排水主管部门责令限期改正，给予警告逾期不改正或者造成严重后果的，对单位处10万元以上20万元以下的罚款，对个人处2万元以上10万元以下的罚款造成损失的，依法承担赔偿责任。
