昆明南站在南站西广场一楼、负一层（到达层）地铁站对面、二层（进站层）北进站口均有退票窗口。

其中西广场一层的退票窗口位于昆明南站的主售票大厅，主要的人工售票工作在这里进行，长时间有工作人员值守，建议到这里退票。而其他两个主要以机器售票为主。