星辰变中的玄帝帮助秦家的原因是：玄帝想要获得秦家的认可，放松秦家对于自己的警惕，于是这样玄帝就可以部署自己的部下，在秦羽渡劫的时候，玄帝安排了好几名弟子和自己一起埋伏，想要彻底杀死秦家人，这样就可以让正在渡劫的秦羽陷入自责中，这样就会渡劫失败，玄帝就可以轻松杀死秦羽，可以说玄帝帮助秦家就是一个巨大的阴谋。