食品经营许可证副本丢了影响不是很大。

目前食品经营许可证的正副本是有相同的法律效益的。如果是食品证副本丢了，等你食品经营到期需要换证或者重新申请的话可能有点影响，市场监管局部门需要你的正副本原件的收回。目前食品经营许可证如果丢了是可以办理补证业务的。