整个科普馆占地1600平方米，除了序厅和尾厅外，共有“文明之源、城市之殇、转变之道、水之新生、绿色低碳、源头活水”六个主题厅。六大主题厅以时间为轴，展现贵阳水域历史、污染和治理的整个过程。