商业承兑汇票结清后账务处理，分出票人和持票人两种处理。

出票人在结清票据时，以商业承兑汇票付款联借记应付票据科目，银行扣款凭证贷记银行存款科目持票人结清商业承兑汇票的，凭银行入账凭证借记银行存款科目，贷记应收票据科目。