南回归线在南部通过，因此莫桑比克的气候，北部属热带。南部是副热带，所以境内气候炎热潮湿，全年平均气温为19.4°C。这个国家年分干湿两季，干季比较短，为每年四月至八月湿季很长，为每年九月到次年五月。因此雨水丰富，几乎常年都会下雨，年雨量约500毫米到1000毫米。

中部三比西河下游沿岸雨量最多，年雨量差不多有1000毫米到1500毫米。