三方协议对答辩没有影响。三方协议也叫做就业协议，主要是应届毕业生的就业意向，也可以证明应届毕业生在毕业前已经找到工作。

而毕业论文答辩则是对大学期间最后的考核和研究成果的汇报，一个是就业一个是学习，两方面没有互相影响。