山东省农业实业集团公司隶属于山东省农业厅。公司下设六个事业部（外经贸事业部、农资事业部、园艺事业部、能源物资事业部、医药事业部、房地产事业部）、三个工厂（山东省农业专用肥料厂、山东天利兽药厂、齐河晏府酿酒总厂）、山东省农业集团进出境动物临时隔离检疫场和进口动物良种示范场。