公司股东自己可以以灵活就业的方式进行缴纳社保。社保缴纳目前只有两种方式，一种是以职工的身份缴纳社保，另一种就是以灵活就业的方式缴纳社保。股东不在公司任职，想要缴纳社保则可以灵活就业的方式缴纳。缴纳社保时，个人部分和社会统筹部分都需要股东自己来承担。