2000年，福大新校区选址上街，这就是如今的旗山校区。

2002年12月，大学城一期工程开工。十多年来，旗山校区已经从当初的田地，一跃变成了如画的崭新学府。

目前学校办学主体位于旗山校区，此外还有怡山、铜盘和厦门集美、鼓浪屿以及泉州泉港、晋江等多个校区，占地7000余亩。