石河子矿产资源主要分布在周边的沙湾、玛纳斯、昌吉州呼图壁、吉木萨尔县等境内。主要有煤炭、天然气、石灰石、盐等矿种。石河子属于玛纳斯河流域，流域范围有玛纳斯河、宁家河、金沟河、巴音沟河等。石河子地下水水质评价指数为0．73，属优良(I类)水质。2006年石河子空气综合污染指数为1．39，环境质量状况良好，城市空气质量2级以上天数占全年的98．62％。驻石河子市的石河子大学、新疆农垦科学院与石河子有着良好的合作关系，为今后的发展提供了强有力的支撑。