区别如下：

第一，名称不一样，分别是助理全科医生和住院医师

第二，侧重点不一样，助理全科医生主要是在医院的各个科室都可以工作，特别是在乡镇基层的卫生院的医生，住院医师主要是负责住院的病人的诊治和护理。