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南京大学工程管理学院是南京大学下设的二级学院。

学院前身为成立于2001年的南京大学管理科学与工程研究院2003年，撤销南京大学管理科学与工程研究院，成立南京大学工程管理学院。

截至2022年9月，学院设4个系，开设3个本科专业和2个实验班，有博士后科研流动站1个，一级学科博士学术学位授权点1个，二级学科硕士学术学位授权点1个，硕士专业学位授权类别3个有专任教师50余人。