药店非法行医发生医疗事故应该由卫生行政主管部门责成食品药品监督管理局和公安局综合执法大队调查处理，导致严重后果构成犯罪的移送检查机关向人民法院提起公诉。

经药品监督管理部门批准的药店是不能聘用西医坐堂行医的，打针输液更是不允许的。如果出现这种违法行为药品监督管理局可以责令停业或者吊销药品经营许可证，如果因上述违法行为导致严重后果的除以上行政处罚外，还需依法追究刑事责任。