洗脱次序：分子量大的，极性大的先流出

当样品从色谱柱的顶端向下运动时，大的蛋白质分子不能进入凝胶颗粒从而被迅速洗脱而较小的蛋白质分子能够进入凝胶颗粒中，且进入凝胶的蛋白在凝胶中保留时间也不同，分子量越大，流出时间就越早，最终分离分子大小不同的蛋白质。

凝胶色谱是分子筛原理，依靠待分离蛋白与杂蛋白的分子量差异(分子大小差异，进入凝胶空隙路径不同)，所以出峰时间不同。