区别是：

1、作用机理不同，吲哚丁酸重点侧于生侧根也就是不定根，奈乙酸重点侧重于生主根。

2、理化性质不同，吲哚丁酸溶于丙酮、乙醚和乙醇等有机溶剂，难溶于水奈乙酸纯品为白色无味结晶，可溶于热水。化学性质稳定，遇碱可生成相应的盐。