杂化轨道是同一原子的不同原子轨道的线性组合，其本质仍是原子轨道，根据价键理论，中心原子先杂化再与其它原子成价键轨道。分子轨道为不同原子轨道的线性组合，其表现的是分子中电子的离域性。

分子轨道（MO）可用原子轨道线性组合，也是常用的构成分子轨道的方法。由n个原子轨道组合可得到n个分子轨道，线性组合系数可用变分法或其它方法确定。

两个原子轨道形成的分子轨道，能级低于原子轨道的称为成键轨道。能级高于原子轨道的称为反键轨道，能级接近原子轨道的一般为非键轨道。