南通站站房采用了钢管混凝土柱、型钢混凝土梁、大面积玻璃幕墙结构和大跨度弧线形钢桁架结构。站房总建筑面积11740.6平方米，其中，候车面积3696.6平方米，综合厅1289平方米，售票厅369平方米。站前高架桥长312.76米。站台设500米长无站台柱雨棚，无站台柱雨棚钢结构覆盖面积34737平方米。