主要是事业单位编制在不在编（内聘还是外聘）。

特任研究员一般是科研机构和高校，从单位（事业单位编制）内部（在编）选拔具有学术专长和某领域突出研究成果，委以特别任用的研究员。而特聘研究员，则一般是从单位外部（外院、外所、外地乃至外国）选择，特殊聘请的研究员。