因为黄河洪泛，导致此次改道，大量的泥沙冲进山东境内的大运河里，结果就是运河被淤塞，此时清末政府内忧外困，再无能力投入运河的疏浚，更谈不上针对新改道的黄河重新设计建造沿运河的梯级船闸。至此，京杭大运河在黄河以北逐渐失去了通航能力，国家也不得不依赖海运实现南北物流运输。目前只有黄河以南的大运河，最北到济宁梁山港还能通航。