天聪九年（1635年）十月十日，纳兰明珠出生。其祖父叶赫那拉·金台吉是叶赫部统领，曾联合九部联军征讨建州女真，后在征战中败亡。

父亲叶赫那拉·尼雅哈率领叶赫部投降努尔哈赤，被授予佐领官职。

金台吉的妹妹孟古哲哲是努尔哈赤的妃子、皇太极的生母，因此纳兰家族与爱新觉罗皇室有亲戚关系。后来纳兰明珠娶英亲王阿济格之女，论辈分成为康熙皇帝的堂姑父。