发生改道的大致原因就是由于在一段时间内孔雀河所在的塔里木盆地发生严重的干旱，使得来水量迅速减少，风沙将原来的河道掩埋。

等到一段时间后，塔里木盆地又变得相对多雨，发生洪水，由于原来的河道已经被掩埋，洪水自然会走其他地方，冲刷出新的河道。