南京图书馆有科学、文学、地理、历史、童话、技术等等的书籍，种类比较齐全。2016年公布的五批《国家珍贵古籍名录》中南京图书馆收藏的稿本《石洲诗话》、明洪武刻本《书史会要》、清影元抄本《清庵先生中和集》等60余部古籍善本入选名录。