唯一区别在于财政收入，公益事业单位不以盈利为目的，经常需要财政拨款补贴，半公益事业单位以盈利为目的，很少接受财政补贴。

公益事业单位大多数是财政拨款性质的比如说最常见的学校、福利院、收容所等等这些机构大多属于与人们的日常生活息息相关的行业，公益性较强多半不是以经济利益为目的设立的。

半公益事业单位就是那些带有盈利性质的单位，典型的医院，虽然有公益性，但从其自身的经营目的出发多半带有盈利性，资金来源多为自收自支，财政上不过多干预。