湖州东站设站台2座，到发线4条，正线2条，并预留3台7线（5条到发线、2条正线）。

站房规模已从8000平方米申请扩大至15000平方米。在此基础上，湖州东站将设动车停车场，设3条停车线，确保湖州东站的始发功能，建成后，可从湖州东站始发，直达上海、苏州、南京等地。