包括肠道细菌，人及许多动物的致病菌、酵母菌及一些丝状真菌等，有氧时，通过氧化磷酸化途径获取能量无氧时，菌体的细胞色素和其他呼吸系统组分减少或失去，通过发酵途径获得能量.酵母菌属（Sacharomyces）和大肠杆A菌（Ecoli）是典型的兼性厌氧微生物，前者是生产单细胞蛋M白和酒精的重要工业菌后者是生物工程研究中的重要工程菌和卫生学检查的污染指示菌。