快递公司罚款制度是不合法的。因为该公司不具有罚款的权利。但若劳动者因本人原因导致公司遭受损失的，可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可以保留当地最低工资标准为限，从劳动者本人的工资中扣除。