去除磷酸盐是非常重要的环节，因为废水中的氮和磷能够与微生物反应生产对生物有害的物质。

利用生物除磷除去废水中大部分磷酸盐排掉，并将难以进行物化处理的有机磷与偏磷转化为能采用化学处理的正磷，再利用化学除磷剂将磷彻底去除以达标准。其中除磷剂的投加根据效果与工艺的不同可投加在初沉池前，二沉池中或曝气池和二沉池之间投加。