档案年检检查内容包括：档案库房是否符合要求、档案员是否持证上岗、档案是否集中保管、各类档案整理是否规范等。

检查中，市档案馆对存在档案整理、目录输入问题的单位进行了现场指导，对问题较大的单位下发整改通知书。检查后，各协作组负责人将进行业务指导、督促整改。